酸性雨の影響としては以下のようなものがある。
* 湖沼を酸性化し、魚類の生育を脅かす
* 土壌を酸性化し、植物に有害なアルミニウムイオンを溶け出させる
* ヨーロッパ・北米を中心に森林を枯らしている（ドイツのシュヴァルツヴァルトが酸性雨被害の深刻な森として有名である。西ドイツの森林の半分以上が酸性雨による被害を受けているといわれている。）。その被害のさまからヨーロッパでは酸性雨のことを「緑のペスト」と呼んでいる。また、近年酸性雨による被害が報告されている中国では「空中鬼」の異称がある。
* 屋外にある銅像や歴史的建造物を溶かすなど、文化財に被害を与えている
日本における酸性雨の被害としては、群馬県赤城山、神奈川県丹沢山地などでの森林の立ち枯れなどがある。これらの被害は、狭義の「酸性雨」でなく、光化学オキシダントのような広義の酸性雨（酸性降下物）の影響が強いのではないかといわれている。 やはり中国が原因のひとつであるのが現状である。