医療廃棄物には様々な物品等があり、物性や内容に応じて適切な処理・処分方法がある。
注射針
古く注射針は、その都度煮沸消毒して使用する器具であったが、近年の注射針は衛生上の問題から、そのほとんどが使い捨てである。（一部紛争地域や経済が壊滅的な打撃を受けている地域を除く）このため医療行為に付随して大量の注射針が廃棄される訳だが、前出の通り高温で処理されて滅菌・プラスチック封入といった過程を経て、そのプラスチック封入状態のまま金属資源として溶鉱炉に投ぜられ、金属として再利用されるか、最終処分場で埋め立て廃棄処分される。
ガーゼ・脱脂綿など、患者の体液を含む物
これらは全て、焼却処分となる。この過程において生物テロなどに悪用されないよう、厳重に保管し、病院内・または専門の焼却業者に依頼されて焼却される。確実に焼却させるため、燃焼効率の良い焼却炉が利用される。
切除された組織片など
日本では、四肢などの大きい物では、生きている患者の一部でも、また中絶胎児は妊娠12週以上のものは人として、墓地埋葬法上で遺体として扱い、これらは火葬の後に埋葬される。それ以外の組織片は、前出の焼却処分される医療廃棄物として扱われる。日本以外の海外では、概ね焼却処分するところがほとんどである。