自宅で使用して排出される在宅医療廃棄物は、医療機関から発生する感染性廃棄物と内容がほぼ同一であるにもかかわらず、家庭から排出するということで、市町村が処理・処分を行う一般廃棄物に区分されている。しかしながら大部分の自治体では受け入れを行っておらず、受け入れている自治体でも消毒を義務づけているなど、自治体によって取り扱いが異なり、排出者の混乱を招いている。また、受け入れを行っていない自治体では、どのように処理・処分がなされているか、大部分の場合把握できていないことも問題を助長している。
特に在宅医療件数は、厚労省の発表によれば1991年(213,897件)から2003年(712,902件)の間、3倍以上に拡大している。社会の高齢化や、病院のベッド数削減などの社会的背景を受け、今後さらに拡大していくと考えられている。
このような状況であるため、日本医師会では感染性廃棄物等に関する検討委員会において「在宅医療廃棄物マニュアル」の整備に向けた検討を開始し、全国産業廃棄物連合会（全産廃連）の医療廃棄物部会においても在宅医療廃棄物対策分科会を設置して検討を行っている。